La Unión abarca órganos de carácter local y regional que se organizan acorde a lo establecido en los estatutos de la organización. El congreso es la máxima instancia de decisión en la vida de la Unión y celebra sus congresos generales cada cuatro años. El congreso aprueba documentos y recomendaciones relacionados con los objetivos globales de la Unión de Mujeres Saharauis.

Estructura de la Unión de Mujeres saharauis
La secretaria general de la Unión
El rol de la Unión con anterioridad a su creación se limitaba dentro a la función de los sectores políticos del Frente Polisario. La secretaria general de la unión de mujeres se designaba de entre las mujeres elegidas en la dirección política del Frente Polisario. Actualmente esta responsabilidad es adscrita un puesto elegido democráticamente en el congreso de la Unión Nacional de Mujeres Saharauis para un periodo de cuatro años.
Han ocupado dicha responsabilidad:
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Aminatu Mohamed Ahmed Leraidani . 1974-1976.
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Alaiza Abdala Aina. 1976-1978.
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Fatimetu Alali: 1978-1985.
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Gaymula Ubbi: 1985-1990.
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Senia Ahmed Merhba: 1990-1996.
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Maima Sidi Abdel Hadi: 1996-2001.
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Fatma Mehdi: 2002-2019
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Minetu Larabas Sueidat 2019-Actual.
Secretariado General de la Unión
El secretariado esta compuesto por 52 miembros en representación de los diferentes espacios de encuentro de las mujeres saharaui, tales como los campamentos de refugiados, territorios ocupados, comunidad en el exterior etc. El secretariado celebra reuniones a su órgano de forma semestral.
Buró Ejecutivo
Lo componen 15 miembros y es el órgano ejecutor de las políticas y programas de la organización. Celebra sus reuniones cada dos meses. Las áreas de ocupación del Buró Ejecutivo son:
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Administración y Organización.
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Información y cultura.
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Producción y cooperativismo.
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Formación y Promoción de la mujer.
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Salud y familia
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Derechos humanos
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territorios ocupados.
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Cooperación
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Relaciones internacionales
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Mujer en diáspora y territorios liberados